Starania o ochronę przyrody Doliny Prądnika sięgają pocz. XIX w. i wiążą się z pierwszymi badaniami prowadzonymi na tym terenie. Odkryto tu wówczas wiele interesujących gatunków roślin i zwierząt oraz dokonano naukowej eksploracji jaskiń. Oprócz tego ojcowski krajobraz stał się tematem reportaży i wspomnień oraz natchnieniem dla wielu artystów i poetów. Piękno Doliny Prądnika, bogata flora i fauna, interesująca przeszłość archeologiczna skłaniały licznych przybyszów do objęcia ochroną tego zakątka ówczesnego Królestwa Kongresowego, nazywanego nawet "Polską Szwajcarią".

Na łamach prasy pojawiły się głosy protestu przeciwko eksploatacji lasów, m.in. piętnujące barbarzyńskie poczynania wrocławskich kupców niszczących ojcowskie lasy, którzy nie bacząc na warunki postawione w kontrakcie sprzedaży wycięli drzewostan pokrywający wierzchowinę jurajską w rejonie Smardzowic, Woli Kalinowskiej i Sąspowa.

Ówczesne prawodawstwo zupełnie pomijało zagadnienia ochrony przyrody. Bezkarnie rozkopywano namuliska jaskiń, wydobywając z nich cenny materiał nawozowy. Najwięcej strat poniosły jaskinie Koziarnia i Nietoperzowa, w których eksploatację namulisk prowadził w l. 1877-78 górnośląski urząd górniczy pod kierunkiem O. Grubego. W pozostałych jaskiniach, ogólnie dostępnych do zwiedzania odłamywano nacieki, przeciwko czemu protestowano w opisach Ojcowa i w artykułach prasowych.

Duże zasługi w ochronie przyrody Ojcowa położył także były jego właściciel Jan Zawisza, archeolog-amator, pierwszy badacz tutejszych jaskiń, który rozpoczął stopniowe wykupywanie Doliny Prądnika i okolic z rąk wrocławskich kupców. Dalsze wykupy kontynuował kolejny właściciel Ojcowa - Ludwik Krasiński.

Społeczeństwo polskie widząc niszczenie przyrody Doliny Prądnika szybko reagowało na przejawy wandalizmu. Mimo braku odpowiednich zarządzeń ze strony ówczesnych władz podejmowano pierwsze kroki w kierunku ratowania przyrody. I tak spółka akcyjna, założona pod koniec XIX w. z inicjatywy Adolfa Dygasińskiego, wykupiła zamek w Pieskowej Skale wraz z otaczającym go lasem i skałami.

Dydaktyczną funkcję w zakresie ochrony przyrody Doliny Prądnika odegrało także muzeum regionalne w Ojcowie, założone przez Stanisława Jana Czarnowskiego pod koniec XIX w. Jednakże te i tym podobne poczynania pojedynczych osób do I wojny światowej nie miały większego znaczenia, gdyż nie podjęto starań o otoczenie Doliny Prądnika ochroną prawną. Dopiero gdy w okresie międzywojennym powołano Państwową Komisję Ochrony Przyrody, przekształconą później w Państwową Radę Ochrony Przyrody, na czele której stanął prof. dr Władysław Szafer, innej rangi nabrało zagadnienie ochrony przyrody ojcowskiej. Z inicjatywy prof. Szafera została opracowana pierwsza monografia przyrodnicza Doliny Prądnika i Sąspowskiej, opublikowana w piśmie "Ochrona Przyrody" w 1924 roku. W monografii tej zamieszczono charakterystykę środowiska geograficznego okolic Ojcowa oraz plan i opis granic przyszłego rezerwatu. Projektowany rezerwat miał objąć dobra Czartoryskich i własności gminne wzdłuż Doliny Prądnika od Sułoszowej do Hamerni i Sąspowskiej od wsi Sąspów do ujścia doliny na terenie Ojcowa. Złotą Górę przeznaczono na budowę osiedla uzdrowiskowego w ramach regulacji uzdrowiska.

Rezerwat przyrody, oprócz całkowitej ochrony znajdujących się w nim skarbów natury, wg autorów projektu prof. W. Szafera i inż. S. Richtera miał służyć nauce jako teren badań naukowych, a dla turystów przygodnie odwiedzających te strony oraz dla letników (...) stanowić źródło niezapomnianych wrażeń estetycznych.

Propozycja utworzenia rezerwatu w okresie międzywojennym nie została jednak zrealizowana, a przez nowe inwestycje turystyczne, takie jak budowa dróg, elektrowni i dalszych pensjonatów uzdrowiska udostępniono Ojców szerszym kręgom społeczeństwa.

Okres międzywojenny nie przyniósł postępu w otoczeniu ochroną prawną okolic Ojcowa. Tylko dzięki zdecydowanemu stanowisku prof. Szafera nie zdołano osłabić lub nawet oddalić realizację zamierzeń groźnych dla tutejszej przyrody.

Po II wojnie światowej wznowiono starania o utworzenie rezerwatu. I tym razem energiczna działalność prof. Szafera - ówczesnego delegata Ministra Oświaty do spraw Ochrony Przyrody - przyczyniła się do organizacji wielu konferencji, na których powracano do utworzenia projektowanego w Ojcowie rezerwatu, a z czasem parku narodowego. Obok prof. Szafera do ludzi oddanych tej idei należeli: W. Marcinkowski, J. Kornaś, S. Smólski, S. Jarosz, T. Szczęsny i K. Bukowski. W l. 1946-53 odbyło się na temat przyszłego Parku kilka zebrań na szczeblu wojewódzkim, w Polskiej Akademii Nauk i Państwowej Radzie Ochrony Przyrody.

S. Jarosz w swoich publikacjach zamieścił pierwszy opis Parku Narodowego w Ojcowie, a S. Smólski (ówczesny Wojewódzki Konserwator Przyrody w Krakowie) i T. Szczęsny (sekretarz Państwowej Rady Ochrony Przyrody) pod kierunkiem prof. Szafera zajęli się realizacją zadań ochrony przyrody Ojcowa i okolic oraz opracowaniem projektu rozporządzenia Rady Ministrów o powołaniu do życia Ojcowskiego Parku Narodowego.

Po zatwierdzeniu projektu przez Państwową Radę OchronyPrzyrody, Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 14 stycznia 1956 r. został utworzony (wówczas jako szósty w Polsce) - Ojcowski Park Narodowy o powierzchni 1570,59 ha (obecnie 2145,62 ha). W 1981 r. w związku z utworzeniem w woj. krakowskim Zespołu Jurajskich Parków Krajobrazowych ustanowiono wokół OPN strefę ochronną o powierzchni 7000 ha. Jej ponowne prawne usankcjonowanie nastąpiło w związku z korektą granic Parku w 1997 r. Powierzchnia strefy ochronnej, zwanej otuliną wynosi 6777 ha.